基质性角膜炎是位于层内的炎症，属非溃疡性的深层角膜炎。针对不同病因，进行驱梅、抗结核、抗风湿等疗法。局部可使用皮质类固醇点眼或结膜下注射。再者是散瞳、热敷等。对遗留的角膜瘢痕，视力不及0.1 者，可考虑行光学性角膜移植术。