尿路梗阻或膀胱输尿管返流等尿路畸形可引起肾皮质髓质脓肿。肾皮质脓肿通常由金黄色葡萄球菌引起。相反，肾皮质髓质脓肿则常由大肠杆菌、克雷伯氏杆菌属或变形杆菌属感染所致。